[[Archivo:Kabuto_en_el_orfanato.png|thumb|left|Kabuto junto a Nonō en el orfanato.]] Se desconoce el origen y el pasado de Kabuto, pero se sabe que él fue encontrado en las afueras de una aldea destruida. Nonō, una guardiana de un orfanato del País del Fuego, lo encontró recostado en un árbol con una herida en su cabeza así que lo curó con su ninjutsu médico. Luego, le preguntó acerca de sus padres o su nombre, pero Kabuto no sabía esa información, por eso la monja lo llevó al orfanato donde trabajaba. Una vez allí, un niño del orfanato llamado Urushi le colocó un casco en la cabeza para que no se volviera a lastimar, entonces, al ver eso, la monja decidió darle el nombre de Kabuto en referencia al casco. Esa noche, mientras trataba de dormirse, este escucha una conversación en la puerta y