Los Sellos (印, In) es un conocimiento básico que conocen todos los ninjas ya que estos son necesarios para realizar muchos genjutsus, ninjutsus y otras técnicas que no sean Taijutsu y Kenjutsu. La cantidad exacta de chakra necesario se determinara a través de los sellos manuales. Cada jutsu tiene diferentes secuencias de sellos diferentes por eso es necesario memorizarlos. Los sellos fueron inventados por Indra Ōtsutsuki, y por tal motivo se lo conoce como el creador del Ninjutsu.