Nagato llora por la muerte de Chibi, a lo cual Yahiko le dice que deje de llorar y que él cambiará este mundo, que para conseguirlo necesitan fuerzas, a lo cual partieron a buscar a los Sannin. Nagato dijo que no podía aceptar a ningún ninja de Konoha porque sus padres fueron asesinados por esos. Jiraiya decide hacerse cargo de Konan, Nagato y Yahiko hasta que puedan cuidar de sí mismos. Luego Nagato y Yahiko fueron atacados por un ninja de Iwagakure pero Nagato activó el Rinnegan y contraatacó. Debido a eso Jiraiya comenzó a enseñarles ninjutsu, aunque Nagato tenía miedo de su poder, pero Jiraiya lo ayudó diciéndole que gracias a él, Yahiko aún sigue vivo, a partir de eso Nagato comenzó a respetar a Jiraiya, también Jiraiya le dijo que siente el dolor, recapacita y encuentra la respuesta,