Der Atlantis Plot (Abkürzung: ATL) erzählt die Geschichte des Föderationsraumschiffes Atlantis (Excalibur-Klasse) bzw. nach dessen Zerstörung der U.S.S Atlantis-A (Sovereign-MK3-Klasse). Der Plot beginnt als Lieutenant Tom Paris, Steuermann auf der San Diego von Admiral Kira das Angebot erhält ein eigenes Kommando zu bekommen. Er nimmt dies an und transferiert mit vielen anderen Offizieren der San Diego, unter anderem auch seiner Frau B'Elanna Torres auf die Atlantis. Nach einigen Missionen bricht schließlich der Kha'ak-Krieg aus, in dessen Verlauf die Atlantis zerstört wird und die Crew ein neues Schiff erhält: Die Atlantis-A.
Der Atlantis Plot (Abkürzung: ATL) erzählt die Geschichte des Föderationsraumschiffes Atlantis (Excalibur-Klasse) bzw. nach dessen Zerstörung der U.S.S Atlantis-A (Sovereign-MK3-Klasse). Der Plot beginnt als Lieutenant Tom Paris, Steuermann auf der San Diego von Admiral Kira das Angebot erhält ein eigenes Kommando zu bekommen. Er nimmt dies an und transferiert mit vielen anderen Offizieren der San Diego, unter anderem auch seiner Frau B'Elanna Torres auf die Atlantis. Nach einigen Missionen bricht schließlich der Kha'ak-Krieg aus, in dessen Verlauf die Atlantis zerstört wird und die Crew ein neues Schiff erhält: Die Atlantis-A. Als die San Diego 2387 im Gamma-Quadranten verschwindet ist auch ein Großteil der Crew der Atlantis an Bord, sodass nahezu die komplette Reihe der Führungsoffiziere neu besetzt werden muss. Nach einigen Gefechten mit den Breen und der Aufdeckung eines Komplotts im Sternenflottenhauptquartier ist die Crew der Atlantis mitverantwortlich dafür, dass der Friedensvertrag zwischen Cardassia und der Föderation geschlosssen wird.