Schouten werd geboren in het welvarende gezin van een handelaar. Zijn moeder overleed toen hij twaalf was. In zijn tienertijd bouwde hij een klein poppentheater, een zogenaamd tafeltheater. Dat is bewaard gebleven en tegenwoordig te bezichtigen in het poppenspelmuseum La Condola in Haarlem. Pas op zijn zeventiende – relatief laat – kreeg Schouten toestemming van zijn vader om theologie te gaan studeren. Om het Hebreeuws en Latijn onder de knie te krijgen werd hij in 1846 in huis geplaatst bij een hervormd predikant in Haaksbergen.
Schouten werd geboren in het welvarende gezin van een handelaar. Zijn moeder overleed toen hij twaalf was. In zijn tienertijd bouwde hij een klein poppentheater, een zogenaamd tafeltheater. Dat is bewaard gebleven en tegenwoordig te bezichtigen in het poppenspelmuseum La Condola in Haarlem. Pas op zijn zeventiende – relatief laat – kreeg Schouten toestemming van zijn vader om theologie te gaan studeren. Om het Hebreeuws en Latijn onder de knie te krijgen werd hij in 1846 in huis geplaatst bij een hervormd predikant in Haaksbergen. Van 1849 tot 1854 studeerde Schouten in Utrecht. Hij raakte gefascineerd door de Bijbelse Tabernakel en besloot deze op schaal na te bouwen. Als welgestelde student kon hij zich de aanschaf van materialen daarvoor veroorloven. Op 18 september 1851 was de Utrechtse predikant J.F. van Hoogstraten de eerste bezoeker van de Tabernakel die in een bovenkamer in het huis van Schouten tentoongesteld stond. Schouten begon in 1854 te werken in de hervormde kerk van Koudekerke. Later volgden Vianen (1857), Veenendaal (1862), Apeldoorn (1863), Harderwijk (1867), Rotterdam (1873) en Utrecht (1879). Tot zijn emeritaat in 1894 zou hij daar werkzaam blijven. De Tabernakel reisde steeds mee en werd iedere keer in de pastorie tentoongesteld. In Apeldoorn behoorden ook leden van het koninklijk huis tot de kerkelijke gemeente van Schouten. Ook bezochten verschillende leden – namelijk koningin Sophie, prins Wilhelm, prins Alexander en prinses Pauline van Saksen- Weimar – de Tabernakel. Een verhaal gaat dat ook koning Willem III de Tabernakel wilde bezichtigen, maar verschoond wilde blijven van de stichtelijke uitleg van Schouten. Dit was voor de dominee een reden om de koning niet uit te nodigen.